Comment installer Bioedit sur Mac?

Bioedit est un programme d’alignement de séquence ADN ou protéine qui bien que non maintenue maintenant est toujours utilisé par des enseignants de biologie moléculaire (dont le mien). Il peut être trouvé à cette endroit.

Prérequis: Installer les dépendances. à l’aide de macports, installer wine et zenity,  ceci nécessite l’incontournable Xcode (sans lequel rien n’est possible sous mac), depuis un terminal:
sudo port install wine zenity
Puis installer un petit booster pour wine: winetriks
wget http://winetricks.org/winetricks
chmod +x winetricks

et éventuellement :
sudo cp winetricks /usr/local/bin
(sous réserve que ce dossier existe,  à ne faire que si vous souhaitez utiliser winetriks dans d’autre circonstance)

Préparation du terrain:
dans le terminal:
winetricks (ou ./winetricks si vous n’avez pas fait la commande sudo cp winetricks /usr/local/bin plus haut)
une petite fenêtre apparait, choisissez: « Select the deffault wineprefix » puis « install a windows DLL or componant » et la choisissez mdac28 et validez.
NB: si on vous dit quelleque chose comme « Cannot find cabextract. Please install it (e.g. ‘sudo apt-get install cabextract’ or ‘sudo yum install cabextract’). »  -> non vous tapez  : sudo port install cabextract 
NB: dans cette liste vous pouvez aussi trouver internet explorer, avec donc ActiveX qui est nécessaire pour démarrer  certain programme utiliser en science, tell que le programme de pilotage du HandyPEA. 

Installation:
Allez dans le répertoire bioedit  (oui, je n’ai pas précisé il faut le télécharger). Tout dépend de la ou vous l’avez  enregistrer, chez moi:
cd Downloads/BioEdit
NB: pour ceux qui n’y connaissent vraiment rien: cd (change directory) pour aller dans un répertoire; ls (list short) pour voir contenue du répertoire ou l’on se trouve…. si vous voulez remonter au répertoire au dessus cd .. 
Une fois dans le répertoire Bioedit:
wine setup.exe
là l’installation « windows » va démarrer, vous n’avez qu’à suivre.

Lancer le programme:
dans un terminal:
wine ~/.wine/drive_c/BioEdit/BioEdit.exe

Et magique, votre bioedit tourne sans problème sur votre mac 🙂 Une question? un problème? n’hésitez pas à demander 🙂

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12 commentaires pour Comment installer Bioedit sur Mac?

  1. Arnaud dit :

    Merci pour l’info. Je me familiarise avec mon nouveau Mac et je ne comprends pas tout du langage mac. Cette façon d’avoir Bioedit fonctionne sur toute les versions? J’ai la version 10.7.4
    Merci de ta réponse
    Arnaud

  2. Alexandre dit :

    Génial, merci beaucoup.
    Ça fonctionne comme sur des roulettes.

  3. ultimategiby dit :

    En principe ça marche sur tout… je ne l’ai faite que sur deux mac, le mien et celui d’une collègues,, le mien est sous léopart et l’autre snow léopart….
    En fait c’est un petit mix … Mac OS c’est BSD (donc unix) pour les commende de base, macport est une version mac de l’instal BSD…
    Je prévien que si le mac est neuf avec un néophyte au commende, l’installation de wine sera très longue…

  4. France dit :

    Bonjour, ça ne marche pas bien pour moi. De fait, lorsque je suis à l’étape winetricks, la petite fenêtre ne s’ouvre pas. Je reçois ces messages: DISPLAY not set, not defaulting to gui
    Usage: /opt/local/bin/winetricks [options] [command|verb|path-to-verb] …
    Executes given verbs. Each verb installs an application or changes a setting.

    Suggestion ?
    merci
    France

  5. Philou philou dit :

    Bonjour j’ai un mac depuis 10 jours et dons aucune notion de comment créer un script sur Xcode.
    j’ai chargé la version 6.4 et je suis sur OS10 yosemite
    je ne comprend pas où je dois taper les commandes

    j’ai ouvert une application de base et j’essaye de taper les commandes là ou on me l’indique.

    merci de me donner quelques conseils si possible j’ai vraiment besoin de Bioedit

    Phil

    //
    // main.m
    // install bioedit
    //
    // Created by Philippe Marullo on 28/08/2015.
    // Copyright (c) 2015 Philippe Marullo. All rights reserved.
    //

    #import

    int main(int argc, const char * argv[]) {
    @autoreleasepool {

    sudo port install wine zenity

    NSLog(@ »Hello, World! »);
    }
    return 0;
    }

  6. Abdouchakour dit :

    depuis 3 ans j’utilise bioedit. Mais voilà celà fait 2 semaines quand je clique sur l’icone bioedit, ça tourne mais il ne s’ouvre pas. j’ai desinstallé et reinstallé mais tjrs celà ne marche pas. je ne sais pas koi faire

  7. Abdouchakour dit :

    j’ai oublié de preciser que je travaille sur windows 7

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